港澳通行证是可以用来入住酒店的。根据《旅馆业治安管理办法》和《中华人民共和国户口登记条例》等相关法律法规，旅客在旅馆住宿时需要出示有效的身份证件进行登记。港澳通行证作为中国公民的有效旅行证件，在大陆及港澳地区均可作为入住酒店的有效身份证件。
请注意，虽然港澳通行证在多数情况下可用，但在某些地区可能因地方政策或酒店的具体要求而有所不同。建议在预订酒店或到达目的地前，提前确认当地酒店是否接受港澳通行证作为住宿登记的有效证件。
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